במדינת ישראל, המכס הינו אגף במשרד האוצר, כחלק מרשות המיסים.
תפקידי גוף המכס הינם בעיקר: ניהול סחר החוץ של מדינת ישראל, אכיפת דיני היבוא והיצוא של המדינה, מניעת הברחות, גביית מיסי יבוא, פיקוח ביטחוני על יבוא הסחורות.
ביבוא טובין, יש לשלם מס העשוי להיות מורכב משלושה מרכיבים: מכס, מס קניה ומס ערך מוסף. בחלק מהטובין יש פטור ממכס אך עדיין יש לשלם את מס הקניה ואת המע"מ.
מכס – הוא מס אשר באמצעותו המדינה יכולה להגן על ייצור מקומי של סחורות או לחלופין על נזקים שיבוא סחורות יכולים לגרום (כמו נזק לאיכות הסביבה). תעריף המכס ומס הקניה לכל פרט מכס מפורטים בדבר חקיקה הנקרא צו תעריף המכס ומס הקניה. המכס מפרסם תעריך מקוון המאפשר חיפוש לפי מילה או פרט מכס. צו תעריף המכס קובע את שיעורי המכס לפי פרט המכס. לעיתים תעריף המכס הכללי שונה מתעריף המכס שנקבע למדינות ספציפיות בהתאם להסכמי הסחר החופשי של מדינת ישראל.
במידה והטובין מגיעים ממדינה אשר יש לה הסכמי סחר עם מדינית ישראל והטובין עומדים בכללים להסכם בין המדינות, יכול היבואן להגיש תעודת מקור או הצהרה אשר מבטלת את המכס על הטובין ובכך מקנה סוג של "הנחה". לא על כל סוגי הטובין ניתן לקבל את הנחת המכס, שנקבעת לפי הסכם הסחר בין המדינות.
פרט מכס הינו קוד מארבע עד שמונה ספרות שלפיו ניתן לזהות את המוצר, הקוד נקבע על פי שיטת סיווג בינלאומית, בעיקר לפי מהות המוצר. פרט המכס יסווג על ידי עמיל המכס של היבואן.
דוגמא מתעריף המכס:
פרק 39 – פלסטיק ופריטי פלסטיק
39.26: פריטים אחרים מפלסטיק ופריטים מחומרים אחרים שבפרטים 39.01 עד 39.14
39.26.1000: פלסטיק לצרכי משרד או בית ספר
גובה המכס יכול להיקבע בצורות שונות:
- אחוז מערך העסקה
- לפי יחידת מידה
- לפי מס קבוע
- לפי מיני' או מקס' מס ליחידת מידה.
מס קניה – הוא מס עקיף המוטל על טובין בהחלטה של שר האוצר. מס קניה חל לרוב על רכבים, חלקי חילוף ועוד. כיום
בעקבות החלטת האוצר להוריד את יוקר המחיה בישראל, ישנם מעט מאוד טובין עליהם חל מס קנייה.
מע"מ – מס אשר חל על כל עסקה בישראל, על יבוא טובין, ועל מתן שירותים.
המע“מ חל על כל הטובין בשיעור אחיד מערך העסקה או הטובין. אחוז המע“מ נקבע בצו על ידי שר האוצר. כיום (2019) המע“מ עומד על 17% .
עסקים מזדכים על המע"מ באמצעות הצהרת היבוא, אך ביבוא אישי מעל 75$ אין אפשרות לקבל החזר מע"מ.
ישנם מיסים נוספים כגון היטלים, שהינם מסים אשר המדינה מחליטה עליהם בהתאם לתנועת הסחורות ומתוך רצון להגנה על תוצרת מקומית או בעלי עסקים. ההיטלים מעוגנים בהסכמי הסחר כך שטובין לא ”יציפו“ את השוק המקומי ויובלו להורדת מחירים או פגיעה בתוצרת מקומית.
