כפי שהוסבר במאמר על הסכמי הסחר, אחד התנאים להכנסת טובין במסגרת הטבות הסכם סחר הינו צירוף תעודת מקור המהווה הוכחה שמקורם של הטובין תואם למוגדר בהסכם.
על מנת שהמדינות החברות בהסכם ידעו לאלו מוצרים יש להעניק העדפת מכס, בהסכם הסחר נקבע מנגנון לפיו על המדינה המייצאת להנפיק תעודה שבה קיימת הצהרה של היצואן שהמוצרים המפורטים בה עומדים בתנאי כללי המקור שבהסכם הסחר.
על התעודה להיות חתומה ע"י רשויות המכס של המדינה המייצאת בהתאם להצהרת היצואן ובאמצעותה, רשויות המכס במדינת היבואן יכולות להעניק העדפת מכס למוצרים המופיעים בה.
היות ומדובר בהסכמי סחר בין מדינות שונות ושיטות משפט שונות, קיימת הקפדה מיוחדת על התהליך הקבוע והמוגדר בהסכמי הסחר. לכן, תעודות המקור חייבות להיות ערוכות בדיוק לפי המוגדר בהסכם.
החובה חלה על היבואן, באמצעות עמיל המכס שלו, לבדוק היטב כל תעודת העדפה לפני מסירתה, על מנת לא להיקלע לעיכוב שנושא עימו תהליכים ארוכים, יקרים ומיותרים.
תעודת המקור צריכה להכיל פרטים רבים כשאי עמידה באחד מהם עלולה להביא לפסילתה. לדוגמה, התעודה חייבת לכלול מספר נתונים: שם מדינת היצוא או שם גוש המדינות החברות בהסכם; פירוט פרטיו המלאים של היצואן או של הנציג המורשה שלו; שם מדינת היעד; הטובין חייבים להיות זהים בתיאורם ובכמותם בתעודה ובחשבון המוגש איתה; פרטים אודות המשלוח: מספרים, כמות וסוג אריזה, משקל ומידות, תיאור המוצר; חתימת היצואן או נציגו המורשה; מיקום ותאריך עת מילאו את התעודה; חותמת מכס מקורית של רשות המכס במדינת היצוא.
שתי התעודות המקור המוכרות והנפוצות: EUR-1 , בסחר בין ישראל עם ארצות האיחוד האירופאי, ארצות אפט"א[1] וטורקיה, תעודה שמקנה פטור ממכס לרוב המוצרים המיובאים לישראל ממדינות אלו, הכלולים במסגרת ההסכמים השונים. Certificate of Origin – CO בסחר עם ארה"ב, קנדה ומקסיקו.
עד לינואר 2018 היבואנים נדרשו להציג למכס את תעודת המקור הפיזית אשר נשלחה אליהם יחד עם הניירת המלווה את המשלוח. עת עלתה לאוויר המערכת האינטרנטית החדשה של מכס ישראל 'שער עולמי', הוסרה הדרישה הזו והחל מינואר 2018 תעודת מקור נחשבת קבילה כקובץ אלקטרוני סרוק וחתום בחתימה אלקטרונית מאושרת של סוכן המכס או היבואן.
רשויות המכס של המדינה המייבאת נוהגות לבצע, על פי תהליך המוגדר בהסכמי הסחר השונים, אימות מקור בדיעבד, ע“מ לאמת שהטובין אכן היו זכאים לפטור ממכס.
[1] EFTA – איסלנד, ליכטנשטיין, נורבגיה, שוויץ